Là 1 loài thú quý hiếm và hoàn toàn đặc hữu, Bubalus mindorensis xếp như một loài cực kỳ dễ bị đe đọa. Hiện nay, chúng được phân loại là loài cực kỳ nguy cấp kể từ năm 2000 do IUCN vào sách đỏ IUCN về loài nguy cấp. Nhận thức về tình trạng bảo tồ Bubalus mindorensis bắt đầu từ năm 1965 khi chúng được phân loại là tình trạng được biết không xác đáng bởi IUCN. Dữ liệu đầy đủ thu thập được về quần thể trâu rừng Philippines năm 1986,[24] và trung tâm giám sát bảo tồn IUCN công bố chúng là loài nguy cấp. Trong suốt các cuộc điều tra thành công được tiến hành vào năm 1988,[25] 1990,[26] 1994[27] và 1996, loài vẫn được liệt kê trên sách đỏ là nguy cấp. Việc niêm yết lại loài vào năm 1996 hoàn thành tiêu chí B1+2c và D1 của IUCN. Tiêu chí B1 chỉ ra rằng phạm vi của loài vật này ít hơn 500 km2 và được biết tồn tại trong ít hơn năm địa điểm độc lập. Sự suy giảm tiếp tục nhận thấy trong quần thể hoàn thành tiểu tiêu chí 2c, đưa ra điều kiện môi trường sống độc nhất của quần thể. Tiêu chí D1 cơ bản yêu cầu một quần thể ít hơn 250 cá thể trưởng thành; cá thể đếm được của quần thể B. mindorensis tại thời điểm đó tính toán thấp hơn đáng kể.[28] Năm 2000, trâu rừng Philippines được liệt kê vào sách đỏ dưới tiêu chí C1 nghiêm trọng hơn. Điều này do ước tính rằng số lượng giảm 20% trong năm năm hoặc trong khoảng thời gian hai thế hệ.[4][29]

Nhiều yếu tố góp phần vào sự suy giảm quần thể trâu rừng Philippines. Trong suốt thế kỷ này, sự gia tăng dân số loài người trên đảo Mindoro khiến cho quần thể trâu rừng Philippines duy nhất trên đảo bị tác động áp lực do con người gây ra. Vào những năm 1930, sự ra đời của gia súc phi bản địa trên đảo gây ra dịch tả trâu bò nặng giữa quần thể hàng nghìn trâu rừng Philippines. Săn bắt trâu rừng Philippines làm thực phẩm như phương kế sinh nhai cũng đã gây thiệt hại về số lượng của loài. Yếu tố quan trọng nhất đe dọa sự sống còn của B. mindorensis là mất môi trường sống do quy hoạch đô thị, khai thác gỗ và nông nghiệp. Những yếu tố làm giảm quần thể hàng ngàn xuyên suốt đầu những năm 1900 ít hơn 300 cá thể trong năm 2007.[4][5]

Do sự suy giảm của quần thể B. mindorensis, các tổ chức và luật Philippine được tạo ra nhằm bảo tồn loài. Năm 1936, luật 73 liên bang được ban hành bởi liên bang Philippine về sau. Hành vi bị cấm gồm tàn sát, săn bắn và thậm chí chỉ đơn thuần làm bị thương trâu rừng Philippines, với một ngoại lệ ghi nhận khi tự vệ (nếu ai đó bị tấn công bởi một cá thể trâu bị kích động) hoặc vì mục đích khoa học. Hình phạt đủ mạnh bao gồm khoảng phí phạt nặng và cầm tù.[30]

Năm 1979, một sắc lệnh được ký kết thành lập ủy ban đặc biệt hướng đến bảo tồn trâu rừng Philippines. Trâu rừng Philippines được xét như "nguồn gốc niềm tự hào quốc gia" trong văn kiện E.O.[31] Dự án bảo tồn trâu rừng Philippines được thiết lập năm 1979. Tổ chức đã lai tạo thành công một con trâu rừng Philippines, đặt tên "Kali", trong mioi6 trường nuôi nhốt năm 1999.[5] Năm 2001, đạo luật Cộng hòa 9147, hay luật bảo vệ và bảo tồn tài nguyên hoang dã được ban hành để bảo vệ trâu rừng Philippines và loài đặc hữu khác khỏi săn bắn và buôn bán.[32] Xuyên suốt những năm 1970, một quỹ gen được thành lập để bảo tồn số lượng trâu rừng Philippines. Tuy nhiên, dự án không thành công khi chỉ có một con non, đặt tên là "Kali", được sinh ra. Tính đến năm 2011, Kali là con vật duy nhất sống sót trong dự án tổng hợp gen. Dự án cũng không được cải thiện khi khu bảo tồn hoang dã và cục môi trường cho thấy rừng Philippines đã được nuôi trong môi trường hoang dã. Nhân bản không được thực hiện để bảo tồn như Bộ Môi trường và Tài nguyên Thiên nhiên lập luận rằng biện pháp này sẽ làm giảm đa dạng di truyền của loài.[33]

Một tiểu quần thể nhỏ của trâu rừng Philippines tìm được trong phạm vi khu bảo tồn chim thú núi Iglit cùng trên đảo Mindoro.[15]

Tính đến tháng 5 năm 2007, Bubalus mindorensis được liệt kê tại Phụ lục I của Công ước thương mại quốc tế về các loài động, thực vật hoang dã nguy cấp nơi chúng được xếp vào kể từ lần đầu tiên được đưa vào danh sách ngày 7 tháng 1 năm 1975. Với việc niêm yết, CITES công nhận loài cực kỳ nguy cấp và bị đe đọa tuyệt chủng. Do đó, mậu dịch thương mại quốc tế về loài cũng như bất kỳ sản phẩm nào của chúng, chẳng hạn thịt, sừng được xem bất hợp pháp. Trong khi thương mại mậu dịch về loài bị cấm, trao đổi vì lý do phi thương mại như nghiên cứu khoa học được cấp phép.[34][35]

Vào tháng 10 năm 2008, giám đốc trung tâm trâu đầm lầy Philippine (DA-PCC) trực thuộc Bộ Nông nghiệp Philippine, tiến sĩ Arnel del Barrio, chính thức báo cáo rằng số lượng trâu rừng Philippines đã tăng hàng năm trung bình khoảng 10% từ 2001 đến 2008. Tháng 4, 2008, báo cáo tình hình trâu rừng Philippines của chương trình bảo tồn Tamaraw (công viên quốc gia núi Iglit-Baco trên Mindoro Occidental), bởi chính phủ và thực thể tư nhân, bao gồm sinh viên đại học viễn đông (FEU), tiết lộ rằng "quần thể trâu tamaraw đếm được khoảng 263 trong năm nay so với chỉ 175 con vào năm 2001. Tỷ lệ sinh sản ước lượng bằng số con non 1 tuổi cao đáng kể... đó có nghĩa rằng nhiều hơn 55% số trâu tamaraw được sinh ra. Tại công viên quốc gia núi Iglit-Baco, số con vật đếm được chính thức là 263 năm 2006, 239 năm 2007 và 263 năm 2008." Người dân Mangyan bản địa tại Mindoro đã ngừng giết mổ động vật để lấy máu.

Quỹ tài trợ Haribon gọi loài vật này là "báu vật nguy cấp của Mindoro" và "loài nguy cấp hàng đầu của Philippines" về sau cho đến năm 2005. Trong những năm 1930, số lượng trâu rừng Philippines giảm do dịch tả trâu bò, một dịch bệnh do vi rút gây ra ảnh hưởng từ gia súc. Trong những năm 1960 và 1970, thợ săn giết trâu rừng Philippines như hoạt động thể thao. Quan trọng hơn, phá rừng tràn lan (từ 80% độ che phủ rừng môi trường sống trong những năm 1900 xuống còn 8% vào năm 1988) trong khu vực đẩy nhanh suy giảm động vật.

Liên minh Quốc tế về bảo tồn loài Bangkok, Thái Lan (IUCS) đã thiết lập một trang trại quỹ gen rộng 280-hectare tại Rizal, Mindoro Occidental. Ngoài ra, trồng rừng quy mô lớn được thực hiện để đẩy nhanh nhân giống trâu rừng Philippines. Số trâu hiện nay chỉ tìm được tại khoảng núi thuộc công viên quốc gia núi Iglit-Baco, núi Calavite, ngọn đèo Halcon-Eagle, thung lũng núi Aruyan-Sablayan-Mapalad, và núi Bansud-Bongabong-Mansalay.

Tuyên cáo tổng thống 273 năm 2002 đặt tháng mười là "tháng đặc biệt về bảo tồn và bảo vệ trâu rừng Philippines tại Mindoro."[36][37]